超聲波細胞破碎儀是一種利用強超聲在液體中產生空化效應，對物質進行超聲處理的多功能、多用途的儀器，能用于多種動植物細胞、病毒細胞的破碎，同時可用來乳化、分離、勻化、提取、消泡、清洗及加速化學反應等等。被廣泛應用于生物化學、微生物學、藥物化學、表面化學、物理學、動物學等領域。
整套機器設備安裝到位后，檢查各系統聯接無誤（進水管/出水管、排水管、沖洗水管、電源、電路），觀察物料樣品是否通過透明膠管進入主機進口，冷卻循環水是否正常運轉流通，然后操作相關按鈕，使主機正常工作。超聲波細胞破碎儀的具體步驟見下： 
（1）接通總電源，整機通電。將鑰匙插入工作/鎖定轉換孔，并旋到工作位置。 
（2）進樣杯中加滿純凈水或緩沖液，按“液壓泵”“開”按鈕（綠色），油泵啟動，供油壓力輸入主附油缸。 
（3）按“主機”“開”按鈕，機器正常運轉（往復運動）。 
（4）順時針緩慢調節調壓閥，使低壓表、高壓表壓力同步上升，根據樣品種類，調節破碎壓力（200Mpa以下）。 
（5）當純凈水或緩沖液到達進樣杯頸部時，按“主機”“關”按鈕，機器停止運轉。將待破碎樣品加入進樣杯中，按“主機”“開”按鈕，細胞破碎開始。經均質閥破碎后的樣品，沿循環冷卻管路冷卻后，從出樣口流出，樣品一次破碎完成（可根據需要，進行多次破碎）。
（6）樣品破碎完后，逆時針調節調壓閥，使右邊低壓表至“0”位，加入純凈水或75%酒精進行清洗，直至出樣清澈。
（7）按左邊紅色“主機”“關”按鈕，再按右邊紅色“液壓泵”“關”按鈕；逆時針打開卸壓閥，使高壓表回“0“位。卸壓完畢后，立即順時針關上卸壓閥。
（8）關掉總電源，拔掉電源線。